چشم‌انداز:
نهادینه‌سازی حکمت و معرفت دینی در نظام آموزشی پزشکی و جامعه پزشکی کشور.
نهادینه‌سازی عالمانه و منطقی طب سنتی ایران که مبتنی بر شواهد می‌باشد در نظام سلامت کشور.
وظایف کلی:
مشاوره، نظریه‌پردازی و آینده‌نگری و توسعه مرزهای دانش در تمامی عرصه‌های حکمت، طب اسلامی و طب سنتی
ارائه توصیه‌های کاربردی، مراقبتی و خدماتی گوناگون در جهت رشد و گسترش شاخه‌های گوناگون حکمت، طب اسلامی و طب سنتی
دیده‌بانی، پایش و نظارت بر ترویج رشته‌های گوناگون طب اسلامی و سنتی و جلوگیری از کج‌روی، انحراف و زیاده‌روی در معرفی حوزه‌های گوناگون طب اسلامی و طب سنتی ایران.
برقراری ارتباطات علمی و فنی مرتبط با حکمت، طب اسلامی و طب سنتی با سایر کشورها به ویژه کشورهای اسلامی و گسترش اینگونه ارتباطات
وظایف اختصاصی:
حفاظت و صیانت از دست‌آوردهای فرهنگ و تمدن اسلام و ایران در حوزه حکمت، طب اسلامی و طب سنتی
تدوین سند حاکمیت حکمت و معرفت دینی در نظام آموزش پزشکی و جامعه پزشکی کشور
تعامل و تبادل نظر مستمر و پویا با مراجع ذیربط به ویژه وزارت بهداشت، درمان و آموزش پزشکی
بررسی وضعیت موجود آموزش، پژوهش و خدماتی طب سنتی ایران و ارائه پیشنهاد به منظور بهبودی و ارتقاء طب سنتی به مراجع ذیربط با استفاده از تجربیات موفق سایر کشورها و آخرین یافته‌های علمی در خصوص طب سنتی ایران و نقد سیاست‌ها و برنامه‌های در حال اجرا.
تدوین اولویت‌های پژوهشی در حوزه حمکت، طب اسلامی و طب سنتی
همفکری و رایزنی با دانشگاه‌ها، موسسات پژوهشی و حوزه‌های علمیه در جهت ارائه دستاوردهای مختلف حوزه طب اسلامی و طب سنتی ایران.
تشکیل سه زیرگروه تخصصی شامل:
الف) گروه حکمت و معرفت دینی در پزشکی
ب) گروه تاریخ پزشکی
ج) گروه گیاهان دارویی
تدوین دانشنامه تاریخ پزشکی اسلام وایران
اشاعه اطلاعات و یافته‌های حوزه حکمت، طب اسلامی و طب سنتی ایران از طریق انتشار:
الف) مجله طب سنتی
ب) مجله حکمت در پزشکی
ج) اختصاص بخشی از تارنمای ( وب ‌سایت) فرهنگستان به موضوعات مرتبط با گروه
د) تصحیح، تحشیه و ترجمه متون
ه) انتشار کتب ومقالات
و) همایش‌ها وسمینارهای مرتبط
 حمایت از انتشار کتب، پایان‌نامه‌ها و طرح‌های پژوهشی در حوزه حکمت‌، طب اسلامی و طب سنتی ایران
انتخاب، قدردانی، اعطای پاداش و نشان علمی به استادان، دانشجویان و پژوهشگران، مراکز تحقیقاتی، موسسات و ناشرانی که خدمات برجسته و شایانی در حوزه حکمت، طب اسلامی و طب سنتی ایران انجام داده‌اند.
حمایت از برپایی همایش‌های حکمت، طب اسلامی و طب سنتی در جهت ارتقاء همه جانبه اینگونه همایش‌ها